Isti lijek na dva tumora istog tipa ne djeluje jednako, a unaprijed se to teško zna. Model ProteinTalks pokušava odgovor dati prije liječenja, tako da oponaša kako se stanica raka mijenja nakon što primi lijek.
Rad vodi Rui Sun, a objavljen je u časopisu Nature.
Na čemu je učen
Skupina je pratila 5585 bjelančevina u 18 staničnih linija raka dojke. Stanice su dobile 63 odobrena lijeka protiv raka i 59 kombinacija po dva lijeka, a mjerenja su uzeta prije liječenja te nakon 6, 24 i 48 sati.
Ukupno je to više od 38 milijuna mjerenja. Model ne gleda samo je li stanica preživjela nego kako se u njoj mijenja sastav bjelančevina iz sata u sat.
Koliko pogađa
Na 81 lijeku koji nije bio u podacima za učenje model je točno predvidio kako će stanice reagirati. Uz to je predložio parove lijekova koji zajedno djeluju jače, među ostalim za trostruko negativan rak dojke, oblik za koji je izbor liječenja najuži.
Provjera na tumorima bolesnica
Predviđanja su provjerena na organoidima, malim tumorima uzgojenima iz tkiva bolesnica. Na njima je pregledano više od 3000 lijekova koji se već koriste za druge bolesti, a nekoliko ih je djelovalo u dozama znatno nižima od uobičajene kemoterapije.
Model je usput pokazao i zašto neki tumori ne reagiraju na docetaksel. Kad je bjelančevina AKR1C3 utišana, stanice su ponovno postale osjetljive na lijek.
Sve je zasad na staničnim linijama i organoidima, ne na bolesnicama. Organoid je ipak tkivo konkretne bolesnice, pa je to korak bliži liječenju nego pokus na općenitoj staničnoj liniji.
